Тем временем Цицианов сумел собрать войска и 28 июля 1805 г. при Загаме (в двух переходах от Елизаветполя) разбил войско Аббас-Мирзы, и персидская армия в беспорядке бежала.

Князь Цицианов приказал Завалишину вновь осадить Баку и сам двинулся к нему на помощь с 1050 пехотинцами, 332 кавказскими казаками и конными татарами при 10 орудиях. Подойдя к Баку, Цицианов потребовал у Бакинского хана Гуссейн-Кули присягнуть русскому царю, в противном случае угрожая взять крепость штурмом. 8 февраля 1806 г. Гуссейн-Кули согласился встретиться с Цициановым, но во время переговоров приближенные хана убили Цицианова и открыли огонь из крепости по русским. Завалишин не решился на штурм и отступил.

В сентябре 1806 г. русские войска под командованием генерала Булгакова вновь двинулись на Баку. Местный хан Гуссейн-Кули бежал в Персию, а 3 ноября город сдался и присягнул русским. Бакинское, а затем и Кубинское ханства были объявлены русскими провинциями, и, таким образом, к концу 1806 г. русское владычество было утверждено на всем побережье Каспийского моря до устьев Куры. К тому же времени была окончательно присоединена к Грузии (имеется в виду русская Грузия) Джаро-Белоканская область.

На место князя Цицианова был назначен граф Гудович, которому пришлось со слабыми силами вести войну на два фронта – против Персии и против Турции (с которой к тому времени началась война), и одновременно поддерживать порядок в только что усмиренной стране.

В течение 1806 г. были заняты Куба, Баку и весь Дагестан, а персидские войска, попытавшиеся снова наступать, разбиты у Каракапета.

В 1807 г. Гудович воспользовался несогласованностью действий противников и заключил с персами перемирие. Теперь остался один противник – турки. Гудович двинул войска одновременно по трем направлениям – на Карс, Поти и Ахалкалаки, но нигде не добился успеха. Тогда турецкий Юсуф-паша с 20-тысячным войском перешел в наступление. Но Гудович успел собрать свои силы и 18 июня на реке Арпачае разбил турков.