8 июня турки после артобстрела пошли на штурм крепости. Подполковник Пацевич решил сдать крепость и приказал поднять белый флаг. Однако кто-то из офицеров выстрелил в спину коменданта и смертельно ранил его. Командование немедленно принял капитан Штоквич. По туркам был открыт огонь, штурм отбит с большими потерями для турок.
В дальнейшем гарнизон успешно отражал атаки турок. Но в цитадели не было источников воды. Комендант распорядился наполнить водой все сосуды, найденные в крепости, но до него не дошло наполнить водой большой бассейн в цитадели, специально созданный турками. Попытки доставить воду в крепость из ручья, располагавшегося в 100 метрах от крепостной стены, стоили жизни нескольким смельчакам. Раненым стали выдавать по кружке, здоровым – по полкружки воды через день (в палящий июньский зной).
Лишь на 24-й день осады крепость Баязет была деблокирована русскими войсками. За время осады в крепости погибло 7 офицеров и 310 нижних чинов.
2 июля Мухтар-паша с 35-тысячным войском при 56 полевых орудиях начал наступление на Александрополь. В это же время из России в Кавказскую армию прибыли 1-я гренадерская и 40-я пехотная дивизии. Руководство русскими войсками принял на себя наместник Кавказа великий князь Михаил Николаевич.
С 3 по 7 июля Мухтар-паша закрепился на Аладжинских высотах, где занял фронт в 22 км. На этой позиции турки стали ждать подкреплений. Весь июль прошел в полном бездействии обоих сторон. Лишь 13 августа Мухтар-паша внезапно перешел в наступление. На Аладжинских позициях начались кровопролитные бои с переменным успехом.