Губернаторы были подчинены кавказскому наместнику. С 6 декабря 1862 г. по 1 января 1882 г. им был великий князь Михаил Николаевич, младший сын императора Николая I. Затем новый император Александр III вообще упразднил наместничество и приказал образовать Кавказскую администрацию во главе с главнокомандующим гражданской частью, одновременно главнокомандующим и наказным атаманом казачьих войск Александром Михайловичем Дондуковым-Корсаковым (с 1 января 1882 г. по 3 июня 1890 г.). Его сменил Сергей Алексеевич Шереметев (с 3 июня 1890 г. по 6 декабря 1896 г.), а затем Григорий Сергеевич Голицын (с 12 декабря 1896 г. по февраль 1905 г.)

Наконец, 26 февраля 1905 г. Николай II повелел вновь ввести наместничество. Наместником был назначен граф И.В. Воронцов-Дашков.

23 августа 1915 г. последним наместником на Кавказе стал великий князь Николай Николаевич. Николай II снял его с должности главного командующего русской армией и отправил в почетную ссылку на Кавказ.

Выборными были лишь старшины в больших и малых населенных пунктах. В больших селах население выбирало башмухтара, а в малых – просто мухтара. Выборные мухтары утверждались царской администрацией. Если мухтар не нравился властям, его просто смещали и заменяли назначенцем, обычно таковым становился молоканин.

После присоединения Карской области к России значительная часть мусульманского населения покинула ее. Точное число их неизвестно. Однако в Карсе до 1877 г. проживало 1520 тысяч человек, а в 1897–1902 гг. 5,5–6 тысяч человек (без военнослужащих).

В Карской области общей площадью 16 475 квадратных верст, согласно переписи 1897 г., проживало 290 654 человека. Из них мужчин 160 571 и женщин 130 083. Такая разница мужского и женского населения была связана с тем, что многие женщины прятались от переписчиков. Население области быстро росло. Так, в 1897–1902 гг. число рождений превышало число смертей примерно на 4,5 тысячу человек.

В результате к 1 января 1914 г. численность населения Карской области составила 349 тыс. человек, из них 186 тыс. мужчин и 163 тыс. женщин.