Все же Земский собор 1653 года высказывается за принятие Малой Руси «под высокую руку государя всея Руси», и едва окрепшая Россия вновь вступает в четырнадцатилетнюю войну. Удар царских войск в белорусском направлении приковывает туда основные польские силы, что позволяет казакам очистить от панов всю Украину. Вторая фаза завершена, начинается третья.

Преемник Богдана Хмельницкого гетман Выговский поднимает призывом к самостийности против «москалей» малороссийские города, которые изгоняют иногда подобру-поздорову, а иногда и вооруженной рукой царские гарнизоны. Сам он вместе с крымским ханом громит под Конотопом дворянскую московскую конницу. После такой победы «самостийность» по отношению к Москве немедленно оборачивается зависимостью от Польши, которая спешит признать привилегии казачьей старшины, чтобы вернуть под панский гнет рядовых казаков и украинское крестьянство. Все возвращается на круги своя.

Начинается новый цикл. «Черная рада», то есть такая, на которой присутствует «черный люд», сбрасывает Выговского, избирает гетманом Юрия Хмельницкого, бьет челом перед царем о возобновлении «статей» Переяславской рады и о помощи против Польши. Московское войско вновь вступает в Украину, но и оно, преданное казацкой верхушкой, вынуждено капитулировать перед поляками под Чудновом (1660 г.).

Потом были новые рады, новые гетманы (иногда по два, по три враз), новые челобитья и новые измены. Дело дошло до того, что крымские татары, эти верные союзники в борьбе за самостийность, не стеснялись уже обменивать между собой пленных украинских девушек и женщин прямо под окнами гетманского дома. Растерзанная междоусобицами Украина являла собой одну сплошную руину. Позднее украинские историки так и назовут этот смутный период — «руиной».

А вот выход из смуты и конец последнего цикла. Украинские города просят московское правительство ввести в них войска.