Как исследователя, Мухина отличает дерзость — он не боится никаких тем, без колебаний берется за изучение подробностей любого интересующего вопроса. Но главное, обладая талантом взглянуть на дело с неожиданной стороны, он приходит порой к настолько оригинальным выводам, что они оказываются откровением даже для специалистов.

Разнообразие поднятых Юрием Игнатьевичем проблем таково, что многие его читатели сомневаются: посильно ли такое одному человеку. Сам же Мухин к своим важнейшим достижениям относит две темы:

1. Гипотеза об образовании жизни и о бессмертии человека после смерти его тела (книга «Не надейся — не умрешь!»).

2. Теория управления людьми (книги «Путешествие из демократии в дерьмократию и дорога обратно» и «Наука управлять людьми»).

Помимо этих тем, считая важным ответить своим читателям на интересующие их вопросы, Мухин вникал и во множество иных проблем. Им исследована, в частности, смерть Б.Н.Ельцина в 1996 году, после чего, утверждает Юрий Игнатьевич, первого российского президента подменили двойники («Код Ельцина»). Нечего и говорить, что от этой темы, как черт от ладана, шарахаются даже самые «храбрые» оппозиционеры.

Им же исследована афера американцев с полетами на Луну («АнтиАполлон: Лунная афера США»). Исследована также афера американцев с небоскребами («Кто завалил небоскребы 11 сентября» и «За державу обидно!»).

Продолжено исследование катынской фальсификации («Антироссийская подлость»).

Исследованы причины убийства Сталина и Берия сторонниками Хрущева («Убийство Сталина и Берия» и «Убийцы Сталина»).

Рассмотрена масса проблем Второй мировой войны и войны вообще («Тайны Израиля», «Отцы-командиры», «Асы и пропаганда» и др.). Книга «Тайны Израиля» удостоена, считает автор, высшей награды — ее требуют изъять из продажи еврейские расисты России.

Кроме того, Юрий Мухин является сценаристом и режиссёром фильмов «Вождь Советского Союза» и «Катынская подлость».