Он был контужен ядром в левую руку и потом в поясницу. Ядро так близко пролетело мимо, что разорвало его мундир пополам. На другой день после Бородинского сражения Кутузов поручил Коновницыну командование 3-м пехотным корпусом вместо смертельно раненного Николая Алексеевича Тучкова. После оставления Москвы, скрывая от Наполеона свое передвижения к Тарутину в течение двенадцати дней, Кутузов, прежде всего, старался привести в порядок армию, сохраненную в тысячеверстном отступлением от Немана до Москвы и многочисленными выдержанными на пути сражениями. Кутузов из-за нехватки времени просто физически не мог заниматься всеми подробностями устройства войск. Для этого важнейшего дела был ему необходим опытный помощник, и выбор Кутузова пал на Коновницына. Приказом от 6 сентября тот был назначен дежурным генералом. С сей минуты до окончания Отечественной войны неразлучный с Кутузовым Коновницын был его правой рукой. Все повеления Кутузова были объявляемы Коновницыным, и через него представлялись фельдмаршалу донесения военных и гражданских властей. При исполнении своей многосложной обязанности Коновницын не знал покоя и усталости, спал не более трех часов в сутки, и то в неопределенное время. До какой степени оправдан был им выбор Кутузова, доказал он в первые три недели после своего назначения в дежурные генералы – тем блистательным состоянием, в коем находилась Русская армия при выступлении ее из Тарутинского лагеря. Это, однако, не означало, что генерал совсем оставил свое боевое поприще. Через четыре дня после Тарутинского сражения, узнав о появлении больших неприятельских сил на Новой Калужской дороге, Кутузов хотел удостовериться о причине прибытия их туда и, если можно, разбить их. Коновницын убедительно упрашивал Кутузова возложить на него поручение. Сначала Кутузов согласился, но затем передумал и уговорил Коновницына оставаться в главном лагере, утверждая, что присутствие его здесь необходимо. Вместо него послан был на Новую Калужскую дорогу Дохтуров. Спустя два дня Кутузов удовлетворил пламенное желание Коновницына сразиться с ненавистными ему французами.