Одновременно начались обыски. Всего у Музаффарова было изъято ценностей на сумму полтора миллиона рублей. В домашнем сейфе оказалось 1 131 183 рубля, монеты, золотые изделия. В ту же ночь Музаффарова и Буранова порознь доставили в Ташкент и поместили в следственный изолятор КГБ УзССР. Расследование возглавил начальник следственного отдела – полковник А. Ганиходжаев.

Музаффаров оказался припёртым к стенке. При обыске у него изъяли свёрток с переписанными купюрами. Молчать под тяжестью таких улик было бы просто глупо. И он решил бороться за жизнь. Чистосердечное раскаяние оставляло, по его мнению, единственный шанс. Музаффаров лихорадочно писал «явки с повинной», уточнял и дополнял фамилии, адреса, суммы взяток. Конечно, смягчал в выгодном для себя свете некоторые обстоятельства, утаивая имена высокопоставленных соучастников, например, Каримова. Из бесед со следователем он понял, что продолжительное время был «под колпаком», что информация о нём собрана обширная. Поэтому с каждым допросом становился всё разговорчивее и откровеннее. Это позволило в первые же дни закрепить успех и расширить рамки следствия. Был задержан директор Бухарского горпромторга Ш. Кудратов. Тесно связанный с Музаффаровым и Каримовым, он также беззастенчиво и нагло обирал своих подчинённых. «Закон – это я, Шоды Кудратов», – любил поговаривать этот взяточник. По имевшейся у сотрудников КГБ информации, значительную часть своих богатств он также хранил по месту жительства. В его доме и на приусадебном участке три дня продолжался обыск. Изъяли более полумиллиона рублей наличными и несколько стеклянных фляг с ювелирными изделиями, золотыми монетами, другое имущество. Всего на сумму более четырёх миллионов рублей.