В той архисложной внутриполитической обстановке самодержавие испытывало крайнюю нужду в притоке новых людей с новым подходом, с новыми идеями, главным была преданность Е.И.В. устоям самодержавия. Одним из этих лиц оказался Крыжановский. Одной из примет того времени является повышение роли врачебно-санитарной службы, в связи с бурно развивающейся экономикой: это развитие требовало наличия не только совершенных законов, но и грамотной организации санитарной службы.

В связи с этим, с оставлением всех прежних должностей, председателем Особого Совещания при МВД по врачебно-санитарным делам, кроме того, Кржижановский назначается инспектором в управлениях Главного врача и ветеринарии, наряду с выполнением других императорских поручений. Довольно часто курировал деятельность кабинета Министров из-за отсутствия Столыпина, по болезни и прочим болезням. Как и многих других, Сергея Ефимовича часто перебрасывали от одних к другим делам, императорский двор испытывал явный кадровый голод.

После покушения на главу правительства, Крыжановскому поручается управление МВД; замещение министра внутренних дел в первом Департаменте и в Правлении Сената; исполнять обязанности председателя Совета Министров.

Это поручение императора, хотя и было диктовано самой обстановкой, все же было высшим доверием к Крыжановскому. После того, как был назначен новый председатель Правительства, Кржижановский был назначен госсекретарем (см. выше). На этой должности он пребывал всего два года. Следующие четыре года, являясь входящим в высшее руководство, Кржижановский занимает разные руководящие должности. С самого начала 1916 г. пожалован в статс-секретари Его Императорского Величества. Ровно через год назначается членом Государственного Совета, с сохранением всех прежних званий и должностей, к этому времени его содержание уже составляет уже 18 000 рублей. Характерно то, что в Госсовете Сергей Ефимович не примыкает ни к одной из групп.