В декабре 1918 г. получил назначение командующим 4-й армией на Восточном фронте.

В апреле 1919 г., в момент наивысшего развития наступления колчаковской армии и создавшейся угрозы Казани, Симбирску и Самаре, был назначен командующим четырьмя армиями южного участка Восточного фронта (4-я, 1-я, Туркестанская и 5-я). Организовал и провел удар во фланг наступающим колчаковским армиям из района Бузулука, приведший к срыву наступательной операции Колчака и к быстрому отходу его армии на всем Восточном фронте.

Оставаясь командующим Южной группой, принял непосредственное руководство Туркестанской армией, действовавшей на уфимском направлении. Провел Уфимскую операцию и переправой через реку Белую 7-8 июня разбил войска противника, защищавшие подступы к Уфе, и 9 июня занял последнюю. За эту операцию награжден орденом Красного Знамени. В конце июня получил назначение командующим всеми армиями Восточного фронта. Руководил операциями армий фронта до момента захвата нами Челябинска и перехода через Уральские горы по всему фронту.

В августе 1919 г., с разделением Восточного фронта на два направления (сибирское и туркестанское), был назначен командующим армиями Туркестанского фронта (11, 4, 1-я и войска в Туркестане). В течение сентября месяца провел операцию по окружению и уничтожению Южной армии Колчака под командой генерала Белова. В результате операции были восстановлены связи с Туркестаном и обеспечен переход оренбургского казачества на сторону Советской власти.

В течение декабря руководил операциями по ликвидации Уральского фронта, что и закончил в конце декабря со взятием нами гор. Гурьева и занятием берегов Каспийского моря.

Оставаясь командующим армиями Туркестанского фронта, был назначен членом комиссии Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета по делам Туркестана, а также членом комиссии Центрального Комитета РКП по делам Туркестана.

С 15 февраля 1920 г.