На обратном пути, в Каликуте, переодетый дервишем Вартема узнает от двух ренегатов-христиан о готовящемся нападении каликутского владыки. Из христианской солидарности он с опасностью для жизни пробирается к португальцам и, к счастью еще во время, успевает предостеречь их. Когда 16 марта 1506 года двести каликутских кораблей намереваются врасплох напасть на одиннадцать кораблей португальцев¹⁸ , те уже стоят в полной боевой готовности.

Это самый кровопролитный из всех боев, принятых вице-королем: восемьюдесятью убитыми и двумя сотнями раненых (огромная цифра для первых колониальных войн) расплачиваются португальцы за свою победу, правда победу, окончательно утвердившую за ними господство над всем побережьем Индии.

Среди двухсот раненых находится и Магеллан; как всегда в эти годы безвестности его удел - получать только ранения, но не знаки отличия. Вскоре его вместе с другими ранеными переправляют в Африку; там его след теряется, ибо кому придет в голову день за днем протоколировать жизнь простого sobresaliente? По видимому, он некоторое время прожил в Софале, а затем, вероятно в качестве сопровождающего транспорт пряностей, отбыл на родину. Возможно (в этом пункте хроники разноречивы), что летом 1507 года он возвратился в Лиссабон на одном судне с Вартемой. Но дальние края уже завладели сердцем мореплавателя. Чуждой кажется ему Португалия, и весь его недолгий отпуск превращается в нетерпеливое ожидание следующей индийской эскадры, которая доставит Магеллана на его настоящую родину: в мир дерзновенных начинаний.

Перед этой новой эскадрой, в составе которой Магеллан возвращается в Индию, стоит особая задача. Достославный спутник Магеллана, Лодовико Вартема, несомненно, доложил при дворе о богатствах города Малакки и дал точные сведения о столь долго искомых "Островах пряностей", которые он, первый из европейцев и христиан, узрел ipsis oculis¹⁹ .