Пять лет провел Пожарский при дворе царя Федора Ивановича. Царь давно отстранился от дел, и его именем правил Борис Годунов, брат царицы Ирины Годуновой. В руках Бориса сосредоточилась огромная власть. Ему присвоили титул правителя государства, неслыханный в прежние времена. На долю Бориса выпала трудная задача. Став фактическим преемником Грозного, он должен был пересмотреть его политическое наследие.
Иван Грозный правил государством, следуя принципу «разделяй и властвуй». Он организовал опричнину. Разделение высшего сословия на привилегированный «двор» и земщину сохранялось вплоть до времени вступления на трон царя Федора. Борис Годунов ликвидировал «двор» – последыш ненавистной опричнины. Эту меру приветствовали одинаково и бояре и дворяне. Раскол дворянства, искусственно поддерживаемый на протяжении двадцати лет, был наконец ликвидирован. Борис подавил недовольство в среде влиятельной аристократии, не прибегая к кровопролитию. Выходец из дворян, Годунов прекрасно понимал нужды своего сословия. Он освободил помещиков от податей за приусадебную пашню и тем самым впервые провел разграничительную черту между привилегированным и податным сословиями. В обстановке разорения и разрухи разладился старый порядок перехода крестьян в Юрьев день. В 1597 году Борис издал указ о сыске беглых крестьян и тем самым узаконил отмену Юрьева дня. Меры в пользу дворян доставили Годунову популярность и поддержку высших сословий.