Донос, если он существовал, был, конечно, ложный: Новиков доказал на следствии свою невинность так убедительно, что едва ли государыне можно было сомневаться в искренности верноподданнических чувств его. Московский архиепископ Платон, которому отдали Новикова на «испытание в законе Божием», писал императрице: «Молю всещедрого Бога, чтобы не только в словесной пастве, Богом и тобою, всемилостивейшая государыня, мне вверенной, но и во всем мире были христиане таковые, как Новиков». Но Екатерина, напуганная французской революцией и слухами об участии наследника, Павла Петровича, сына и злейшего врага своего, в мнимом заговоре, решила истребить гнездо «мартышек», как она называла мартинистов. Майор гусарских эскадронов с отрядом солдат арестовал Новикова, ворвавшись к нему ночью, и напугал так, что у маленьких детей его сделался припадок эпилепсии, от которой они уже никогда не могли вылечиться. «Вот расхвастались, как будто город взяли! Старичонку, скорченного гемороидами, взяли под караул; да одного бы десятского или будочника за ним послать, так и притащил бы его!» — шутили тогда в Москве об этом аресте. «Великая жена», друг Вольтера, «Екатерина-матушка» не постыдилась приговорить без суда «скорченного старичонку», как опаснейшего злодея, к «тягчайшей и нещадной казни»; следуя, однако, «сродному ей человеколюбию и желая оставить ему время на принесение в своих злодействах покаяния», сказано в приговоре, повелела запереть его на 15 лет в Шлиссельбургскую крепость.

Один крестьянин, из имения масона, сосланного по делу Новикова, отвечал на вопрос: «За что сослали твоего барина?» — «Сказывают, что другого Бога искал». — «И поделом ему, — возразил собеседник, тоже крестьянин, — на что-де лучше русского Бога?» Екатерине понравилось это «простодушие», и она несколько раз повторяла анекдот.

Впрочем, царь ли от Бога, или Бог от царя, этого не разобрал бы не только простодушный крестьянин, но и сама императрица-философ. Во всяком случае, для нее было уже ясно, что искать «другого Бога» всегда предполагает в России искать другого царства. И Новиков, сидя в Шлиссельбургской крепости, имел досуг размыслить о том же.