Юный Исаак наслаждался обществом матери, от которого успел отвыкнуть, всего два года. В 1655 году, когда ему исполнилось двенадцать, его отправили в близлежащий городок Грантем учиться в школе латинской грамматики. Расстояние составляло всего семь миль, но в масштабе интеллектуальной истории Исаака Ньютона оно неизмеримо больше. Его поселили у местного аптекаря мистера Кларка, чей дом и лавка располагались на главной улице города, рядом с постоялым двором «Джордж-инн». Тут было гораздо оживленнее, чем там, где ему доводилось жить до сих пор. Аптекарь был братом младшего учителя в школе, так что, возможно, частью учительского дохода как раз и служил вполне официально прием учеников «на постой». Возможно также, что своим рано пробудившимся интересом к химическим опытам Ньютон обязан как раз аптекарю Кларку. Так или иначе, но в свою тетрадь юный Ньютон начинает выписывать рецепты и состав лекарств из тех книг, которые вечно окружали Кларка. Постоялец спал в мансарде, вероятно деля комнату с кем-то из собственных детей Кларка; на стенах он вырезал свое имя, а также рисунки, изображавшие птиц и корабли, круги и треугольники.

Даже эти машинальные почеркушки имеют значение, когда речь идет о Ньютоне. Иногда он набрасывал портреты Джона Донна и Карла I. Нелегко догадаться, почему он решил запечатлеть поэта, но к казненному королю он, вероятно, испытывал определенное сочувствие. Не следует забывать, что его детство пришлось на годы гражданской войны и Протектората,

Возможно, Ньютон успел выучиться основам чтения и письма в одной из дамских школ,

Надо сказать, что при освоении стандартной учебной программы он далеко не всегда проявлял одаренность. В первый грантемский год он стал лишь семьдесят восьмым из восьмидесяти учеников, и один из его биографов позже отметит, что он «с большим пренебрежением относился» к занятиям.