С самого начала экспедиции, с момента выхода из Кульджи в Тянь-шань, обстоятельства складываются не в пользу экспедиции. Это много раз подчёркивает Пржевальский в отчёте и дневнике. С первых дней пришлось расстаться с одним из помощников Е. М. Повало-Швыйковским, «оказавшимся совершенно не годным для экспедиции по своей умственной ограниченности и неспособности к какому-либо делу…» Это обстоятельство очень переживал Пржевальский: «…я плакал несколько раз, как ребёнок». Но строгий и требовательный начальник, каким был Пржевальский, взял вверх, и Швыйковский оставил экспедицию.

Якуб-бек, глава кратковременно существовавшего государства в Восточном Туркестане — Джеты-шаара — уже в горах Тянь-шаня прислал своих представителей, по существу конвой, которые сопровождали всю экспедицию почти на всём её протяжении и тем самым до крайности осложняли работы, а это вызывало не раз справедливый гнев путешественника. По пути следования экспедиции местным жителям были даны указания не общаться с русскими, не давать им никаких сведений. Пржевальский только украдкой вёл маршрутную съёмку, и это, по его признанию, очень сильно отражалось на точности работ. Пржевальского не допускали в города, не давали возможности итти по избранным им маршрутам, водили трудными и окольными путями, чтобы затруднить работы и заставить его отказаться от путешествия и возвратиться в Россию. О том, до какой степени раздражала Пржевальского такая обстановка, видно из его записи, сделанной на обратном пути из Лоб-нора:

1–4 мая [1877 г.]. Пьём до дна горькую чашу испытаний… Идём из Курли в Тянь-шань под конвоем человек двадцати всякой сволочи, посланной с нами Бадуалетом под предлогом проводов. Не только мы, но даже наши казаки под караулом: сзади и спереди каравана едут солдаты и не дают никому слова сказать «кафирам». На Хайду-голе калмыкам запретили приходить к нам под страхом смертной казни. На обеих сторонах реки были поставлены караулы.