Война католиков с гугенотами приобретает все более ожесточенный характер, но сам Брантом в ней пока не участвует, хотя среди военачальников у него появляется много друзей, например Филипп Строцци. Брантом в это время настолько аполитичен, что не просто водит дружбу с главарями обоих лагерей, но в 1564 г. делает попытку наняться на испанскую службу. Впрочем, эта авантюра закончилась ничем. Тогда, вместе со Строцци и еще несколькими сотнями головорезов, он отправляется защищать Мальту от турецкого вторжения.

В 1567 г. начинается его настоящая военная служба. Брантом набирает две роты в Перигоре и приводит своих солдат в армию герцога Анжуйского. Он сражается то с испанцами, то с гугенотами, но без особого для себя ущерба. Уже в 1570 г. Брантом отказывается от военной карьеры, и отныне он почти всегда при дворе — в Париже, Блуа, Сен-Клу. Что делал Брантом в роковую Варфоломеевскую ночь (24 августа 1572 г.), мы не знаем. В Париже его не было, и позже он осудил эту кровавую резню.

Начинался новый этап жесткого противостояния гугенотов и католиков. Первые наглухо засели в Лa-Рошели, а армия католиков обложила город. Брантом среди осаждающих, но и в городских стенах у него есть друзья. Идут время от времени вылазки осажденных, также время от времени осаждающие вяло идут на приступ. Но идут также и келейные переговоры. Опытный военачальник и убежденный гугенот Лану тайно встречается в начале 1574 г. с Брантомом, которому доверена эта ответственная миссия, положительные результаты которой нам не очень известны (или их вовсе не было?).