Кроме того, было организовано Бюро высшего совета партии в составе председателя высшего совета и сопредседателей высшего совета. Кроме того, центральному исполнительному комитету было поручено создать из числа штатных работников центрального исполнительного комитета секретариат высшего совета и поручить руководство его деятельностью заместителю председателя центрального исполнительного комитета Е.Трофимову.

Назначение беспартийного Грызлова председателем высшего совета партии призвано, по мнению членов партии, завершить объединительные процессы внутри «Единой России».

По мнению ряда экспертов, одним из основателей «Единой России» является заместитель главы Администрации Президента РФ Владислав Сурков. Он, как известно, отвечает в Кремле за работу с депутатским корпусом. На данном этапе его позиции в деле партийного строительства и партийного контроля пошатнулись. По информации источника, Сурков и его соратники натолкнулись на противодействие условной «питерской» группы, в частности, на противодействие Виктора Иванова и Игоря Сечина.

Борьба за влияние на партию власти — «единороссов» началась еще в 2001 году, когда председателем Генерального Совета стал представитель «питерской» группы Александр Беспалов. Тогда же, как сообщает источник, от управления партией был фактически отстранен Сергей Шойгу. К 2002 году, по сведениям прессы, аппарат партии был практически полностью заменен, — в руководство пришли люди Беспалова на смену людям Шойгу

Кадровые перестройки в партии привели к временному ослаблению влияния Суркова на деятельность партии. Так, например, это отразилось на законотворческом процессе: при рассмотрении закона «О гражданстве Российской Федерации» партия внесла жесткие поправки, пролоббированные, по некоторым данным, И.Сечиным, аппаратным противником Суркова.