Не забыла императрица и Ягужинского. В указе отмечалось: «И для того ныне в Сенат, покамест особливый от нас генерал- прокурор определен будет, иметь в должности его надзирание из членов сенатских генералу Ягужинскому, а в его дирекции в должность обер-прокурора быть статскому советнику Маслову, а прокуроры и в коллегии и канцелярии, в которые надлежит, определяются немедленно».

Ягужинский был «пожалован» императрицей сенаторским званием. Несмотря на то что положение его в Сенате стало двойственным, так как раньше, осуществляя надзор, он сам не был сенатором, генерал-прокурор сумел поддержать свой авторитет. Он был, по существу, самым квалифицированным юристом империи. Но это была уже лебединая песня Ягужинского. Вокруг императрицы стали возвышаться другие люди, набирал силу ее любимец Бирон. После нескольких ожесточенных схваток с ним, менее чем через год после своего вторичного назначения на должность генерал-прокурора, Ягужинский «с радостью воспринял весть о назначении его послом в Берлин вместо ссылки в Сибирь».

В Пруссии Павел Иванович находился до 1735 года, после чего возвратился в Россию. Он стал графом и кабинет-министром императрицы, а также продолжал носить звание генерал-прокурора, хотя от прокурорских дел фактически отошел.

Павел Иванович Ягужинский имел чин действительного тайного советника, был награжден орденами Святого Андрея Первозванного, Святого Александра Невского и другими.

Личная жизнь Ягужинского вначале сложилась неудачно. В 1710 году состоялась его женитьба на Анне Федоровне Хитрово. Хотя он получил за женой огромное состояние, сразу сделавшее его одним из богатейших людей России, брак этот не был счастливым. Его жена оказалась женщиной неуравновешенной, склонной к распутству и бездумным оргиям. От этого брака у него был сын, умерший в 1734 году, и три дочери. Ягужинский все-таки добился через Святейший синод развода, после этого Анна Федоровна была сослана в Переславль-Залесский монастырь, где и умерла в 1733 году.