В то же время следует отметить, что позиция «либералов» не является единой. Алексей Кудрин в целом поддержал атаку на «ЮКОС», публично отметив, что «налоговые преступления должны быть наказаны». Министр назвал «ЮКОС» «компанией номер один по уходу от налогов», добавив, что это не единственная нефтяная компания в России, которая допускала злоупотребления в сфере уплаты налогов Герман Греф был более осторожен в своих оценках. Он даже заявил, что «полное изъятие природной ренты у сырьевых компаний не решит проблемы российской экономики». По мнению Грефа, ресурсы, которые можно изъять из сырьевого сектора (главным образом с помощью налога на прибыль), не превышают 3 млрд. долларов. Эта сумма не позволит существенным образом увеличить доходы бюджета и не повлияет на экономический рост.

Неоднозначно оценивают в МЭРТ и борьбу Минфина с внутренними оффшорами, которые используются нефтяными компаниями для недоплаты средств в бюджет. Алексей Кудрин активно добивается ликвидации трех российских внутренних оффшоров, с помощью которых «ЮКОС», «Сибнефть» и десятки других компаний только в 2002 году недоплатили на законном основании бюджету 1,5 млрд. долларов налога на прибыль. С1 января 2004 года прекращают действие налоговые льготные зоны в трех российских регионах — Мордовии (где, по данным Счетной палаты, льготами активно пользуются нефтетрейдеры «ЮКОСа»), Чукотки (там, полагает СП, возможностью оптимизировать налоги пользуются связанные с «Сибнефтью» фирмы) и Калмыкии, получившей статус «народного офшора» (зарегистрированную в Элисте низконалоговую компанию мог купить любой желающий). В перечисленных регионах льготники уплачивают только федеральную часть ставки налога (сейчас — 6 %). МЭРТ же считает, что инициатива Минфина может обернуться неприятностями для добросовестных инвесторов.