2 июля был арестован председатель совета директоров МФО «МЕНАТЕП» и один из основных акционеров «ЮКОСа» Платон Лебедев. Генеральная прокуратура подозревает его в хищении в 1994 году 20 % акций предприятия «Апатит» на сумму 283,142 млн. долларов, что подпадает под статью 159 часть 3 Уголовного кодекса РФ. Этот пакет был в 1993 году приобретен ЗАО «Волна», входящим в группу «Роспром», у Фонда имущества Мурманской области. Сделка предполагала инвестиции в «Апатит» в размере 530,1 млрд. руб. «Роспром» пытался скорректировать инвестпрограмму, но не нашел понимания в Минимуществе.

Сделка была расторгнута судом, но «Волна» к тому времени уже продала бумаги другим структурам «Роспрома». Впрочем, и Фонд имущества Мурманской области не вернул «Волне» деньги за зтот пакет акций «Апатита». Однако в декабре 2002 года «Волна» компенсировала Российскому фонду федерального имущества стоимость акций «Апатита». Правда, произошло это только после того, как в результате допэмиссий 20 % акций превратились в 5 %. Поэтому оценщик определил компенсацию государству в 478 млн. рублей (16 млн. долларов). Напомним, что 20-процентный пакет был куплен «Роспромом» за 225 000 долларов. Вернуть деньги «Роспром» вынудило решение Арбитражного суда города Москвы. Иск был подан РФФИ в 2002 году. Формальным поводом для ареста Платона Лебедева стал запрос в Генеральную прокуратуру депутата Государственной думы Владимира Юдина (входит в группу «Регионы России»).

В конце июня 2003 года Генеральной прокуратурой был арестован начальник четвертого отдела службы внутренней и экономической безопасности НК «ЮКОС» Алексей Пичугин. Однако сообщено об этом было одновременное заявлением об аресте Платона Лебедева. В Генпрокуратуре сообщили, что Алексей Пичугин обвиняется «в организации убийства в ноябре 2002 года двух человек в одном из региональных центров России».