Также благодаря практике «залоговых аукционов» банк «МЕНАТЕП» получил контроль над 80 % акций «ЮКОСа». Активную помощь в проведении аукциона команде Михаила Ходорковского оказал тогдашний председатель правительства Виктор Черномырдин. Более того, премьер-министр согласился на фактическое списание задолженностей «ЮКОСа» и его дочерних предприятий по налоговым платежам. Формально это было проделано за счет применения сложных вексельных схем с большим дисконтом погашения. В результате с 1997 года «ЮКОС» стал основным местом работы Михаила Ходорковского и его команды.

Политика проведения «залоговых аукционов» способствовала возникновению в структуре НГК России новых компаний. Крупнейшие финансово-промышленные группы, используя связи в высших эшелонах власти, стремились вывести наиболее ликвидные активы из системы государственного контроля с целью последующего оформления прав собственности на них. Так, ТНК была создана в 1995 году в результате выделения из «Роснефти» добывающих предприятий «Нижневартовскнефтегаз» и «Тюменьнефтегаз», а также Рязанского НПЗ и региональных оптовых сбытовых организаций Калужской, Курской, Рязанской, Тульской и Тюменской областей. В 1997 году правительство выставило на инвестиционный конкурс 40 % акций ТНК. Победителем стал альянс «Альфа-групп» с компаниями «Ренова» и Access Industries (США). При этом государство сделало все, чтобы помочь альянсу победить в конкурсе. «Альфа-групп» и «Ренова» предложили за акции 800 млн. долларов Уже в начале 1998 года победители инвестиционного конкурса за счет скупки ценных бумагу частных акционеров увеличили свой пакет акций ТНК до контрольного. В 1999 году государство продало «Альфе» и «Ренове» оставшиеся 49 %.