У Неронова был слишком беспокойный, деятельный характер, чтобы искать «спасение» в монашестве. Он рвался «спасать» других. Монах Дионисий одобрил намерение своего молодого друга и дал ему рекомендательное письмо к патриарху Филарету. Неронов явился к патриарху лично и был тотчас посвящен им в дьяконы, а через год и в священники.

Филарет часто приглашал Неронова к своему столу, представил царю и многим знатным боярам, которых молодой священник ретиво укорял в брадобритии и перенимании других иноземных обычаев. Речи его были созвучны настроению Филарета, который заставил всех иноземцев, находившихся на патриаршей службе, перейти в православие, а в случае отказа — подать в отставку.

Назначенный священником храма Вознесения Христова в Нижнем Новгороде, Иван Неронов сразу же показал, на что он способен. В этом громадном торговом городе, тогда четвертом по величине на Руси после Москвы, Ярославля и Казани, он возродил старинную традицию, существовавшую в домонгольское время, — стал опять произносить проповеди и читать книги прихожанам. В проповедях, приводя дурные примеры, он не стеснялся вытаскивать на свет божий грехи местных воевод и священников, разоблачать их разврат, пьянство, взяточничество. А те, в свою очередь, не стесняясь, избивали попа при всяком удобном случае и писали на него доносы в Москву.

Но Неронов сам часто наведывался в Москву, где бывал у царя и патриарха и находил у них управу на своих противников. Однако он занесся так высоко, что осмеливался уже вмешиваться в государственные дела, убеждал царя и патриарха не начинать польскую войну, а потом «во исступлении ума» воспретил ее, предрекая поражение.

За дерзость, или, как говорилось в препроводительной грамоте, «за гордость и высокую мысль», патриарх Филарет сослал попа Ивана на покаяние в дальний Николо-Карельский монастырь.