Он женился на русской — Елизавете Александровне Алексеевой. Его сын, русский офицер, погиб в 1812 году под Бородином. С 1801 года Клингер занимает одновременно ряд высоких должностей — главноначальствующего Пажеского корпуса в Петербурге, директора Первого кадетского корпуса, попечителя Дерптского учебного округа, где настойчиво добивался улучшения преподавания русского языка и русской словесности. Александр I ввел Клингера в совет при министре просвещения графе Завадовском. Профессора Дерптского университета — в основном немцы — обвиняли Клингера в том, что он «ставленник русских», что «немец в нем совершенно обрусел», что он замещает профессорские должности русскими людьми, например Кайсаровым.

Живя в России, Клингер создал ряд значительных произведений — несколько драм и цикл социально-критических романов, занявших видное место в классической литературе Германии. Как пишет немецкий историк литературы нашего времени, романы Клингера «показывают, как сильно его волновали социальные и политические противоречия феодального общества, как глубоко было его отвращение ко всяким формам угнетения, как его возмущало в особенности ограбление трудящихся народных масс узким кругом феодальных эксплуататоров и правителей. Литература, по крайней мере немецкая литература классической эпохи, не знает другого писателя, который бы так открыто и беспощадно критиковал социальные основы феодального строя». Клингер писал, что «всякая система угнетения людей, установленная правителями, какой бы характер она ни носила — политический или религиозный, — должна в конце концов уступить дорогу свободным, вечно живым, не дремлющим духовным силам человечества».

Немецкая писательница Фанни Тарнов, побывавшая в Петербурге, сообщала в своей книге о России: «Одна светская петербургская дама с благонравным ужасом заявила мне, что она не прочла ни одной строчки, написанной Клингером. Его произведения считаются богохульными и пользуются слишком дурной славой, чтобы она отважилась их прочитать».