Еще он задумал усилить авторитет правительства Лхасы в Кхаме. Он понимал, что из-за отдаленности от Лхасы Кхам практически игнорируется центральной администрацией. Поэтому он предложил, чтобы сыновья местных вождей приезжали учится в Лхасу, а затем посылались обратно, получив правительственные посты. Он хотел также поощрить местный призыв в армию. Но, к сожалению, вследствие инерции ни один план не был осуществлен.

Политическая интуиция Тринадцатого Далай-ламы тоже была поразительной. В своем последнем письменном завещании он предостерегал, что если не произойдет радикальных перемен, "может случится, что здесь в Тибете религия и правительство будут атакованы и извне, и изнутри. Если мы не защитим нашу страну, может случиться, что Далай-лама и Панчен-лама — отец и сын — и все почитаемые защитники веры исчезнут и станут безымянными. Монахи и монастыри будут уничтожены. Власть закона ослабеет. Земли и имущество членов правительства будут захвачены. Их самих заставят служить своим врагам или блуждать по стране, как нищих. Все будут ввергнуты в великие бедствия и всеподавляющий страх, медленно будут тянуться дни и ночи, полные страданий" В этом тексте упомянут Панчен-лама, самый высокий после Далай-ламы духовный авторитет в тибетском буддизме. По традиции, их резиденция находится в Шигадзс, втором по величине городе Тибета.

Сам Тринадцатый Далай-лама был очень простым человеком. Он отверг многие старые обычаи. Например, было принято, что когда Далай-лама выходил из своих покоев, всякий слуга, случайно оказавшийся поблизости, должен был немедленно удалиться. Далай-лама сказал, что эта процедура доставляет людям ненужное беспокойство и отбивает у него всякое желание выходить. Поэтому он отменил это правило.