Летом 1999 г. Ястржембский был избран председателем совета директоров ОАО «ТВ-Центр». Осенью того же года он был назначен заместителем руководителя штаба избирательного блока «Отечество-Вся Россия», где был ответственным за информационно-пропагандистскую деятельность. Баллотировался в Государственную Думу от этого партийного блока, но по результатам голосования в депутаты не прошел.

Десятого января 2000 года Ястржембский был освобожден от должности заместителя председателя правительства Москвы и назначен 21 января помощником по информационно-аналитической работе исполняющего обязанности президента РФ Владимира Путина. По некоторой информации, его «выдавили» из мэрии люди из окружения Лужкова, назначив одним из виновных в провале ОВР на выборах. Возвращению Ястржембского в Кремль способствовали, как говорят, его давние связи с Чубайсом и Валентином Юмашевым. В ведении Ястржембского была деятельность федеральных органов исполнительной власти, принимающих участие в проведении контртеррористических операций на территории Северокавказского региона, а также взаимодействие со средствами массой информации.

В конце марта 2001 г. президент РФ В.В. Путин своим указом об образовании Информационного управления президента назначил Сергея Ястржембского руководителем данного управления. Формально во главе управления стоит Игорь Поршнев, возглавлявший до этого службу оперативной политической информации «Интерфакса», однако фактическим руководителем является Ястржембский. За два года существования Информуправления он успел развернуть сразу несколько информационных проектов. Помимо оставшейся в его ведении Чечни Ястржембский выдвинул идею изменения имиджа России на международной арене. Вместе с министром печати Михаилом Лесиным они собирались формировать качественно иной облик России за счет социальной рекламы и продвижения российских достижений через объединенную систему специальных организаций. О реализации этой идеи, правда, до сих пор ничего не слышно.