Планирование осложнилось весной 1939 из-за новых разногласий с Люфтваффе. В начале 1937 Геринг начал поговаривать о том, чтобы забрать в случае войны оперативный контроль над авиацией флота. В январе 1939 он сумел добиться пересмотра соглашения 1935 года. В совместном меморандуме после совещания Геринг и Редер объявили о создании нового поста — Генерал Люфтваффе при Главнокомандующем ВМС. Люфтваффе брали на себя минные постановки (при консультации с флотом), воздушные атаки вражеских кораблей в море, воздушную разведку при подготовке к бою и выделение авиации для действий в бою по требованию флота. Флот сохранял за собой воздушную разведку вообще и тактическое руководство воздушными силами в бою. Для этого Люфтваффе выделяли 9 эскадрилий дальних разведчиков, 18 многоцелевых эскадрилий, 12 авианосных эскадрилий, 2 эскадрильи бортовых гидросамолетов. Люфтваффе для использования на море должны были иметь 13 бомбардировочных эскадр. Все самолеты должны были строиться с учетом требований моряков. Была создана структура двойного подчинения. А с началом войны, когда Люфтваффе полностью увязли в боях над сушей, ситуация еще более усложнилась.

Иностранные дела на военно-морское планирование влияния почти не оказывали. Агрессивные действия Гитлера уравновешивались миролюбивыми заявлениями и дипломатическими маневрами. Речь о мире во время спуска "Бисмарка" в феврале 1939 резко контрастировала с захватом у Литвы Мемеля в марте того же года. В этих событиях принимал участие и флот. В апреле Гитлер разорвал Англо-Германский морской договор, не консультируясь с Редером.