Непосредственно под руководством Редера Штаб РВМ занимался стратегическим и оперативным планированием и прямым командованием рейдерами и их системами разведки и снабжения. Ниже штабных структур находились оперативные командования — Группы "Вест" и "Ост", которые отвечали за проведение морских операций и безопасность побережья. Большая часть крупных кораблей находилась в Северном море, и командующий флотом подчинялся Группе "Вест". Но в ходе особо важных операций Редер принимал командование лично на себя, что приводило к некоторому беспорядку и трениям в системе командования, особенно на первых этапах войны. Дениц в октябре был произведен в контр-адмиралы и командовал подводными силами. На этом посту он подчинялся только Штабу РВМ. Использование отдельных кодов подводными лодками вынуждало надводные корабли связываться с ними через Берлин. И это было не единственным недостатком системы.

В первый же день военных действий против Великобритании Редер встретился со своим штабом, чтобы пересмотреть планы флота в новой обстановке. В результате родился сильно сокращенный "План Z". Линкоры типа "Дойчланд", один из которых уже находился в море, должны были атаковать британское судоходство. 2 линейных крейсера должны были оставаться в Северном море — их присутствие там связало бы британские линейные крейсера и линкоры, ослабив потенциальное сопротивление рейдерам. Люфтваффе и минное заграждение (названное Западным Валом) в Германской бухте должны были предотвратить любые попытки союзников приблизиться к германским берегам и нарушить коммуникации в Скагерраке. Предусматривались стремительные рейды в районы Норвегии и Шетландских островов и к исландским проливам. Это заставило бы англичан разбросать свои силы.

От надводного флота не ожидали установления контроля над морем или хотя бы истощения сил Великобритании, что было основой стратегии в первой мировой войне. Вместо этого корабли должны были нарушать вражеские коммуникации, полагаясь на внезапность и отвагу.