Секретные приказы Троцкого стали каким-то образом известны командованию Чехословацкого корпуса, которое приняло решение — оружия не сдавать, а при необходимости пробиваться на восток с боем. А Троцкий 25 мая издал приказ № 377, согласно которому все Советы были обязаны немедленно разоружить чехословаков под угрозой расстрела. Подчеркивалось, что, если в одном из эшелонов окажется хотя бы один вооруженный, все должны быть выгружены из вагонов и заключены в лагерь для военнопленных. (И это секретное распоряжение тут же стало известно чехословакам.)

28 мая Аралов направил Омскому военному комиссару телеграмму: «Троцкий приказал, его приказ по отношению к чехословакам привести в исполнение. Вам посылаются бронированные поезда из Москвы». Но и тогда Гражданской войны еще не было. Историк В. Лебедев писал: «Началась она с сызранского предательства…» Под влиянием рабочих Сызранский большевистский Совдеп пропустил через Сызрань эшелоны, заключив с ними договор. Но из Москвы летели грозные телеграммы Троцкого. В результате из Сызрани в тыл пропущенным чехословацким эшелонам был направлен сызранский гарнизон, усиленный подошедшими подкреплениями. Из Самары навстречу им шли сосредоточенные там многочисленные красные войска. Чехословаки попали в настоящую ловушку… Разбив в неравном бою под Липягами большевиков, чехословаки вступили в Самару». Там при их поддержке было создано правоэсеровское правительство — Комитет Учредительного собрания. Правоэсеровские крестьянские дружины окружили Ижевск и Златоуст, где начались антисоветские восстания. Активизировались уральские белоказаки Толстова, оживились разбитые большевиками оренбургские казаки Дутова. Деникин двинулся на Северный Кавказ. Краснов атаковал красных с юга. Был создан единый антисоветский фронт. Началась крупномасштабная Гражданская война.