Очередной серией испытаний предусматривалось определить степень физического воздействия подводных взрывов на корабль в целом и на изменение его шумности. Для решения второй задачи необходимо было произвести [462] замеры шумности «Трешера» до испытаний, в ходе испытаний и после них. Испытания проводились в районе Ки-Веста в течение двух недель. После серии взрывов глубинных бомб на постепенно уменьшавшейся дистанции от лодки она возвращалась в Ки-Вест для замера шумности. «Трешер» подвергся серьезным испытаниям и имел повреждения, которые, однако, не повлияли на его боеспособность, — все они исправлялись силами экипажа.
4 июля «Трешер» снова направился в залив Тонг-оф-Ошен для замера шумности, чтобы выяснить, как подействовала двухнедельная «бомбежка» на степень шумности его механизмов, а также установить, не появились ли «скрипы и стоны», увеличивающие шумность лодки. Замеры показали, что корабль отлично выдержал испытания.
Выполнив программу испытаний, «Трешер» возвратился в Портсмут для прохождения ремонта. В ходе ремонтных работ в прочном корпусе лодки пришлось вырезать много горловин для подъема механизмов и монтажа новых трубопроводов, электропроводов и другого оборудования. Всего было выполнено 875 ремонтных операций. Проверка показала, что все эти операции, за исключением пяти несущественных, были выполнены вполне удовлетворительно. После монтажа поднятых механизмов горловины в корпусе лодки были заделаны, а качество сварки тщательно проверено рентгеном. Ремонтные работы продолжались девять месяцев. В январе 1963 года на «Трешер» прибыл его новый командир капитан-лейтенант Джон Харвей.