Епископ десятилетиями не выходил из тюрем и ссылок, физиолог пребывал в сравнительном благополучии, заведуя кафедрой в Ленинградском Университете. Но вот пришел достопамятный 1937 год и, по наущению ли партийных органов, или по приказу чекистов, на открытом партийном собрании в Университете, профессор биолог Немилов призвал коллег пристальнее присмотреться к облику академика Ухтомского. На кафедре социологии недавно арестовали трех студентов, а он, академик, не покаялся, не отрекся от них. И с братом своим продолжает тайные сношения, оказывает ссыльному епископу, откровенному врагу народа, материальную помощь. Разве такое поведение — не двурушничество?

Сам Ухтомский на собрании не был, но когда сотрудники рассказали ему о возводимых на него обвинениях, ученый пришел в ужас. По настоянию сотрудников сочинил он слезное прошение на имя первого секретаря Ленинградского Обкома Жданова и в том послании отрекся и от брата епископа и от арестованных студентов. Может быть он канул бы в небытие, этот горький и постыдный эпизод из истории российской науки, но случилось так, что через много лет, когда Ухтомского уже не было в живых (он умер от голода во время Ленинградской блокады), один из тех, кого он предал, вернулся из лагеря. Нищий, потерявший здоровье, на костылях, бывший студент добрался до Ленинграда и решил воздать долг учителю — написать его биографию. Недавний лагерник пришел в архив, поднял бумаги покойного… В письме ко мне этот ученый (теперь он доктор наук) написал:

«А.А. оставил черновик — свидетельство испуга и эмоции страха. Нас троих он расписал как людей скрытных и лукавых, душа у коих была сущими потемками. И он-де по старости лет и наивности не усмотрел, что имеет дело с отчаянными террористами, коих славные чекисты разоблачили!

Никогда я не испытывал такой скорби и жалости к своему учителю, как в тот момент, когда держал в руках этот документ».

Близилась война 1941–1945 гг. Дореволюционная генерация ученых уже завершала свой жизненный путь.