Несравненно интереснее конфликты, связанные с противостоянием идей – политических и научных, – отражающие высокое предназначение человека, как существа, наделенного интеллектом и свободой выбора. Это – герои Ж.Верна и уэллсовский Путешественник во Времени, которые отправляются в смертельно опасные странствия, ведомые потребностью разгадать некие тайны или добыть новые знания, но не ставят при этом корыстных целей. Это межзвездные первопроходцы из произведений различных авторов – они преодолевают галактическую бездну, чтобы подарить человечеству новые планеты, открыть неведомые законы природы. В борьбе за высокие идеалы рискуют своими жизнями капитан Немо, Робур-Завоеватель, герои Дж.Р.Р.Толкиена и масса других полюбившихся читателям персонажей.
Чем сложнее, масштабнее и глубже замысел произведения, тем дальше конфликт от прямолинейного противопоставления «добра» и «зла» в примитивной трактовке этих понятий. Во многих произведениях фантастики (особенно, научной) основной конфликт завязан на борьбе людей против сил и законов природы, на враждебности Вселенной по отношению к человеку. В романе С.Лема «Солярис», одном из величайших шедевров мировой фантастики, вообще нет противостояния позитивного и негативного начал, а конфликт землян с мыслящим Океаном проистекает из взаимного непонимания, вызванного принципиальными отличиями мыслительных процессов обеих рас, участвующих в Контакте.