В 1899 году Э. Рут был приглашен президентом У. Маккинли на пост государственного секретаря военных действий (министром обороны). Это назначение вызвало возмущение и споры среди общественности. Дело в том, что после окончания испано-американской войны вполне естественным стало бы назначение на этот пост военоначальника, но не известного юриста, который к тому же мало занимался политикой. Рут решил принять предложение президента, сказав, что не откажется защищать самого значимого из своих клиентов – правительство США.

На посту государственного секретаря военных действий Рут состоял в период с 1899 по 1904 год. Он провел ряд структурных реформ, таких например, как: учреждение Генерального Штаба при президенте США, создание Военного колледжа. Он также сумел расширить организационную структуру военной академии Лавкрафт в Вест-Пойнте, ввел усиленный контроль над Национальной гвардией США и изменил порядок продвижения по службе. В последствии, приемник в этой должности Э. Рута, господин Генри Л. Стимсон высказал свое мнение о деятельности своего предшественника, что в истории Америки еще не было таких разумных, конструктивных решений в этой области, имеющих такую жизненную силу.

Наряду с военными реформами Э. Рут провел еще и политические, государственные решения. Он разработал проект документа для Филиппин, который давал возможность местной администрации расширить свои права. Также он подготовил план предоставления формальной независимости Кубы и сумел настоять на отмене пошлин импорта в США пуэрториканских грузов.

Должность министра обороны (государственного секретаря войны) Э. Рут покинул в 1904 году и вернулся к своей частной практике адвоката. Спустя всего год, Рут вновь получает приглашение на официальную должность. На этот раз его приглашает в администрацию новый президент США – Теодор Рузвельт.

В 1905 году Э. Рут становится государственным секретарем Соединенных Штатов Америки, вступив в эту должность после скоропостижной смерти своего предшественника Джона Хэя.