Связи между эпизодами оказываются весьма разнородными: даны могут объединяться общим персонажем (уровень композиции), сходностью ситуации (уровень сюжета), ассоциируемостью слов (лексический уровень), тождественностью лирической эмоции и т. д.
Вопрос о связанности эпизодов и степени продуманности их композиции непосредственно примыкает к проблеме реконструкции первоначального варианта памятника. Если в связях данов друг с другом в рамках всего памятника существует определенная упорядоченность и некоторые даны, а именно 80, 86, 120, 126–128, 131–133, нарушают эту упорядоченность, то на этом основании можно предположить, что они по какой-то причине занимают изолированное положение в тексте: например, 80-й и 85-й даны, по мнению Такахаси, представляют собой более поздние вставки
Первоначально, по-видимому, в тексте отсутствовал и 168-й дан, ибо в нем главным действующим лицом выступает Рё-сёсё, но, хотя тот же персонаж участвует и в событиях 21-го и 22-го данов, это не одно и то же лицо. В 21–22-м данах имеется в виду Ёсиминэ Наримаса, в 168-м – Ёсиминэ Мунэсада, т. е. монах Хэндзё – прославленный поэт Кокинсю, живший в 816–890 гг. История, излагающая те же события, имеется и в Хэндзёсю («Собрание Хэндзё», список, принадлежащий храму Нисихонгандзи). Однако в 168-м дане Ямато-моногатари описывается ряд событий, отсутствующих в Хэндзёсю, кроме того, 168-й дан носит следы гораздо большей композиционной упорядоченности, что свидетельствует о его более позднем происхождении. Если бы 168-й дан был написан тем же автором, что и весь предыдущий текст Ямато-моногатари, видимо, не было бы этой путаницы с именами и два разных человека не носили бы одного и того же сокращенного имени Рё-сёсё.