С 1938 по 1945 годы Ямагучи находился в Маньчжурии, где, судя по всему, выполнял тайные задания японских спецслужб. Об этом периоде его жизни существует множество легенд. Рассказывают о многочисленных дуэлях с разными бойцами, о схватках с животными (однажды ему пришлось голыми руками убить тигра!), о невосприимчивости к пыткам (2 года, с 1945 по 47-й, он находился в руках советской контрразведки).
Бежав из плена, Ямагучи вернулся в Японию, где с большой энергией занялся созданием по всей стране филиалов созданной им Ассоциации Годзю-каратэ. Он устраивал многочисленные турниры, а в своем додзё в Токио восстановил древнюю традицию «учи-дэси», – приближенных учеников, своего рода элиты школы. Спортивные соревнования, начавшие мало-помалу получать распространение в каратэ, Ямагучи не любил. Но, как вспоминает младший из его сыновей, Госи, он требовал от учеников, чтобы они любой ценой побеждали, если уж принимают участие в спортивных поединках.
Мастер Ямагучи имел сложный характер и слыл забиякой. При всем при том он всегда тяготел к мистике. Несколько раз он месяцами жил в горах, в полном одиночестве, предаваясь многочасовым медитациям на самом краю ущелий или в ледяной воде водопадов. Особенно он любил ката Санчин: «несколько лет ежедневных усилий, и она (эта ката) начинает дарить вам необычные ощущения и сверхъестественные возможности»…
Нельзя не отметить, что Маньчжурия периода японского господства (1932-1945 гг.) словно магнит притягивала к себе многих людей, сыгравших не последнюю роль в истории современных боевых искусств. Среди них мастер Кин-Рю (основатель Дзюкэндо), Мацуяма Синсукэ (основатель Кэнпокан-рю), Мочидзуки Минору (основатель Ёсейкан-Айкидо), Накано Мичиоми, он же Со Досин (основатель Сёриндзи-Кэнпо), Накаяма Масатоси (реформатор Нихон-Каратэ-Кёкай) и это еще не все…