Он отозвал буллу «Unam Sanctam», которая показалась оскорбительной королю Филиппу, и согласился на проведение суда, на котором против его предшественника Бонифация было выдвинуто обвинение в ереси. Климент не нашел в себе мужества честно выразить личное мнение относительно невиновности Бонифация и затянул суд почти на два года. Подобная затяжка не устроила Филиппа, и он отказался доводить суд до конца.

Далее Филипп IV решил покончить с тамплиерами, которые сосредоточили в своих руках огромные богатства. Рыцарей Храма обвинили в ереси, содомии и прочих грехах. Папа Климент поддержал короля в намерении подвергнуть орден суровым репрессиям. Кульминацией гонений на братство «Бедных рыцарей Христовых» стала пятница 13 октября 1307 года, когда по всей Франции произошли массовые аресты тамплиеров. В числе арестованных был и Великий магистр ордена Жак де Моле.

Под пытками у тамплиеров вырвали признания в ереси, и в 1312 году Климент окончательно разгромил орден тамплиеров папской буллой «Vox in Excelso». Собственность тамплиеров передали другому военно-религиозному ордену – госпитальерам. Жак де Моле также под пыткой признался в вьшвинутых против него обвинениях, однако позднее отрекся от своих признаний и в 1314 году был сожжен на костре. Молва гласит, что во время казни он пророчески заявил, что Климент V и Филипп IV умрут в один год, что оказалось правдой.

В 1309 году средоточие папской власти переместилось из Рима в Авиньон. Этот период, получивший название Авиньонского папства, продолжался почти семьдесят лет. Политическая обстановка в Италии, где не утихала вражда соперничающих политических группировок, во время правления Климента значительно ухудшилась, и папское войско вступило в вооруженный конфликт с Венецией.