Вишня является представителем семейства розоцветных. Плоды — костянки. Корневая система вишни состоит из горизонтальных и вертикальных корней. Горизонтальные корни располагаются в поверхностных слоях, на глубине до 40 см, где особенно активно идут микробиологические процессы и накапливаются питательные вещества. Они распространяются далеко за проекцию кроны. Вертикальные корни растут вглубь (до 1,5 м) и выполняют основные функции: всасывают воду и растворенные в ней питательные вещества из нижележащих слоев почвы и удерживают растения в вертикальном положении. От основных скелетных (горизонтальных и вертикальных) корней отходят менее развитые полускелетные, на ответвлениях которых образуются обрастающие мочковатые корни.

Для некоторых сортов вишни характерно образование корневой поросли на горизонтальных корнях, которую можно использовать в качестве подвоя для размножения этих культур, а у корнесобственных растений — в качестве посадочного материала. Эти особенности корневой системы вишни необходимо учитывать при уходе за почвой, внесении удобрений, удалении поросли и др.

Надземная часть представлена деревом или кустом с несколькими многолетними стволами. В кроне дерева различают скелетные, полускелетные ветви, однолетние или годичные приросты и обрастающие веточки. На них образуются почки, листья, цветки и плоды.

У вишни различают следующие виды почек: ростовые, цветковые, спящие и придаточные. Ростовые почки формируются на концах однолетних приростов и сбоку (в пазухах листьев). Из них вырастают побеги разной длины. Цветковые почки закладываются на приростах текущего года и букетных веточках. Придаточные почки формируются не в пазухах листьев, а на любом участке ствола или корней. В экстремальных условиях, например при подмерзании, из придаточных почек образуется приствольная или корневая поросль. Спящие почки представляют собой как бы скрытые точки роста. Их у вишни образуется мало, и они трудно прорастают.