Большинство мероприятий, проводимых для защиты от ядерного и химического оружия, одновременно является и мерами защиты от возбудителей инфекционных заболеваний. Но для защиты от болезнетворных микробов, кроме того, имеются и специфические средства. К ним относятся различные лекарственные вещества, применяемые для профилактики инфекционных заболеваний путем проведения предохранительных прививок.

Предохранительные прививки против некоторых болезней (натуральная оспа, дифтерия, туберкулез, полиомиелит и др.) проводятся постоянно, а против других только тогда, когда возникает опасность их возникновения и распространения. Поэтому при обнаружении инфекционных заболеваний, особенно до установления вида возбудителя, медицинскими органами проводится экстренная профилактика, которая заключается в предупредительном лечении препаратами, губительно действующими на болезнетворные микробы (антибиотики, сульфаниламиды, бактериофаги, сывороточные препараты).

При возникновении очага инфекционных заболеваний местные органы власти принимают меры для его ликвидации. Для этого проводятся мероприятия, имеющие целью не только полностью обезвредить очаг заражения, но и предотвратить распространение инфекционных заболеваний за его пределами. К этим мероприятиям относятся: установление в очаге заражения карантина или обсервации; экстренная профилактика; санитарная обработка людей; дезинфекция объектов; уничтожение насекомых, клещей и грызунов. Медицинской службой проводится эвакуация больных в лечебные учреждения и их лечение.

Карантин вводится в случае обнаружения особо опасных инфекций, а также тогда, когда вид возбудителя не установлен. Цель карантина - полная изоляция очага заражения и ликвидация в нем возникших инфекционных заболеваний. Для достижения этой цели проводятся строгие режимные и противоэпидемические мероприятия. К режимным мероприятиям относятся: оцепление очага заражения, разобщение населения на мелкие группы, организация комендантской службы внутри очага, строгое ограничение входа и въезда в него, запрещение выхода и выезда, а также вывоза имущества, ограничение передвижения внутри очага.