Дисбактериоз, вызывающийся ассоциациями условно-патогенных микроорганизмов (обычно преобладают стафилококки, дрожжеподобные грибы, энтерококки, реже гемолитические и синегнойные палочки), протекает значительно тяжелее, чем в случае с одним возбудителем.

При преобладании грибковой флоры картина симптоматики часто неясна или стерта. Температура тела нормальная, отмечается незначительная боль в животе, стул жидкий или кашицеобразный до 3–5 раз в сутки, иногда со слизью и наличием беловато-серых микотических комочков.

Более тяжело протекает дисбактериоз, обусловленный грибами рода Candida и Aspergilla. При кандидомикозе больные жалуются на боль в животе различного характера или локализованную в области пупка, вздутие и чувство тяжести в животе. Стул жидкий или кашицеобразный со слизью, иногда с кровью или пенистый, с наличием беловато-серых или серовато-зеленых микотических комочков или пленок до 6 раз и более в сутки.

У больных наблюдаются субфебрилитет, плохой аппетит, общая слабость, похудание. При осмотре у них отмечаются малиновый язык и стоматит.

Дисбактериоз кишечника, вызванный аспергиллами (патогенными являются 15 из известных 300 видов), чаще развивается у больных с предшествующими заболеваниями желудка или кишечника, особенно при гастритах с повышенной кислотностью. Проявления наличия аспергилл наблюдаются у резко ослабленных, истощенных больных на фоне общего, чаще всего хронического заболевания легких (туберкулеза, пневмонии, бронхита и др.), болезней крови, в процессе длительного применения антибиотиков (особенно тетрациклина). Заболевание начинается с диспептических явлений: тошноты, рвоты, болей в подложечной области, горьковатого плесневого вкуса во рту, высыпаний на слизистой рта, зева и глотки, а также пенистого стула с большим количеством слизи и плесневым запахом, иногда с примесью крови. Дисбактериоз кишечника, вызванный аспергиллами, может протекать с сильной интоксикацией, называемой микотоксикозом, так как эти микроорганизмы, являясь биохимически активными, образуют ферменты и тем самым могут продуцировать ядовитые вещества. При этом возникают симптомы, сходные с опьянением, особенно после употребления в пищу большого количества углеводов.