Методы имитации при внешнем сходстве с протезированием отличаются от него тем, что с помощью соответствующего вмешательства не столько восстанавливается утраченная или ослабленная функция, сколько чисто внешне восполняется нехватка чего-либо. Примерами имитации могут служить установка искусственного яичка крипторху в мошонку (оно, конечно, ни в коей мере не заменяет естественное, но внешне скрадывает порок), введение под кожу силиконовых заменителей мышц, имитирующих желаемый натуральный рельеф поверхности тела. Это также различные косметические операции, не восстанавливающие те или иные функции, а лишь имитирующие их. Так, создание рубцового или спаечного каркаса для поддержания формы ушной раковины можно рассматривать как протезирование, а пластическая операция по изменению формы разреза глаз — чистая имитация.

Большая группа методов фармакофизиологии может быть отнесена к методам модуляции функций. Отличительной чертой таких методов является то, что воздействие само по себе не подменяет ту или иную естественную функцию организма, тот или иной орган, механизм, но оно стимулирует или, напротив, тормозит выполнение естественными системами их функций. Примеров такого рода — тьма. Введение ингибиторов или активаторов ферментов, блокаторов рецепторов и каналов и т.д.

Различные провокации используются тогда, когда нужно ввести в действие резервные силы организма. Например, в резерве организма имеется возможность вырабатывать антитела против опасного возбудителя болезни, но до ее начала выработка антител против соответствующего болезнетворного начала в организме не происходит. Введением вакцины мы в сущности провоцируем выработку таких антител до возникновения потребности в них. Примерно такая же суть различных способов гормональной стимуляции — реальной потребности в большой массе мышц вроде нет (нагрузка недостаточна), а анаболики дают организму команду наращивать мускулатуру; организм не подошел к состоянию, в котором он приступил бы к размножению, а искусственно введенные гормоны запускают механизм течки и т.д.