Военнопленные и интернированные, как и узники проверочно-фильтрационных лагерей, составляли незаменимый ресурс рабочей силы для производственных программ НКВД. Большая часть ПФЛ и лагерей для военнопленных и интернированных обустраивалась в привязке к конкретным предприятиям или объектам, занятым разработкой недр.

Война внесла и некоторые новации в содержание заключенных определенных категорий. Так, в 1943 г. для осужденных за сотрудничество с немецкими оккупационными властями и карательную деятельность при немцах была введена каторга как мера наказания и организованы каторжные отделения при Воркутинском, Норильском, Северо-Восточном лагерях и при Карагандинском лагере (для больных и нетрудоспособных). Каторжные условия подразумевали использование заключенных на тяжелых работах, увеличение времени работы на один час по сравнению с другими лагерями, общее ужесточение режима и обязательное ношение личного номера, нашитого на верхнюю одежду заключенного. Последнее явно было позаимствовано из практики нацистских концлагерей.

В 1948 г. были организованы Особые лагеря для содержания «особо опасных заключенных. К этой категории относились осужденные за шпионаж, диверсии, террор, участие в оппозиционных политических партиях и группах (меньшевики, эсеры, троцкисты, правые и т. п.), а также лица, осужденные по подобным обвинениям в период 1937–1938 гг. и успевшие выйти на свободу (согласно принятым в 1948 г. новым сталинским установкам их следовало направлять вновь в заключение). Всего в 1948–1952 гг. было организовано 12 Особых лагерей. И каторжные отделения, и Особые лагеря были ликвидированы лишь после смерти Сталина.