Известно, что в 1942 году против него даже пытались возбудить уголовное дело — за лечение пациентов без отсутствия лицензии (хотя Шелтон никогда не занимался лечением, но давал советы о том, как привести свой образ жизни в соответствие с естественными законами и тем самым обрести здоровье) и за доведение пациентов до истощения (голодание является важной составной частью Натуральной Гигиены). Обвинения были настолько явно сфабрикованными, что делу не был дан ход.

В начале 1980-х годов, после других многочисленных попыток засудить Шелтона и его сподвижников, он был вынужден прекратить издание журнала и закрыть Школу здоровья, в которой обучал всех желающих основам своей системы. Постоянная борьба подорвала здоровье Шелтона — тяжелый недуг, вероятнее всего болезнь Паркинсона, приковал ученого к постели, свои последние книги он буквально нашептывал секретарю.

Герберт Шелтон до последнего верил, что его система здоровья в конце концов будет признана, несмотря на все огромное сопротивление «фабричной» медицины. И похоже, его мечты постепенно становятся реальностью. Традиционная медицина, несмотря на все свои головокружительные успехи в излечении многих заболеваний, в значительном повышении качества жизни больных людей, все же не смогла сделать так, чтобы в мире стало больше людей здоровых. Разочарование в ней привело к тому, что в последние десятилетия все более популярной становится натуропатия — сближение с природой, стремление следовать ее законам.

Труды Шелтона не потеряли своей актуальности, наоборот, интерес к ним растет все больше. И особенно важное место в этом занимают вопросы питания. Ведь, как говорил Шелтон и многие мудрые люди до и после него, практически все болезни в той или иной степени своим возникновением обязаны тому, что и как человек ест.