Энтерит бывает и хронический. Причины его практически те же, что и острого: нарушение питания (острая пища и приправы, беспорядочное питание, алкоголизм), интоксикация при работе на вредных производствах или длительном приеме некоторых лекарств (солевые слабительные, длительный бесконтрольный прием антибиотиков широкого спектра действия, способных вызвать дисбактериоз), аллергия на какие-либо продукты питания. Также хронический энтерит могут вызвать паразиты и гельминты (лямблии, аскариды и т. п.). Кроме того, энтерит может быть вторичный, как осложнение гастрита, панкреатита, колита.

Боли при хроническом энтерите бывают тупые, ноющие, не сильные, чаще всего болит в районе пупка, и там же ощущается болезненность при надавливании. После еды может возникать ощущение давления, распирания внутри живота, иногда подташнивает. При тяжелом энтерите после еды возникают слабость, головокружение. Могут быть расстройства стула то по типу запора, то поноса, ложные позывы к дефекации.

Обострение заболевания вызывают молоко (после его употребления усиливаются метеоризм и понос), острая и жирная пища, переедание.

Длительно протекающий энтерит вызывает недостаточность всасывания питательных веществ, из-за этого человек худеет, слабеет, у него развивается общее недомогание, понижается работоспособность. Из-за того, что большинство витаминов всасываются в тонком кишечнике, при его воспалении и длительном течении возникают гиповитаминозы, которые проявляются многочисленными симптомами в зависимости от того, какого витамина не хватает (см. раздел про витамины). Может возникнуть недостаток кальция, а это прямо влияет на ломкость костей.

При обследовании человеку назначают общий анализ крови и различные биохимические анализы, рентген с барием, биопсию тонкой кишки, различные анализы кала.

Течение хронического энтерита может быть прогрессирующим, когда с течением лет симптомы нарастают, или регрессивным, если человек соблюдает диету, лечится, то симптомы могут проходить.