Традиция нин-дзютсу, берущая начало в VI–VII вв. после внедрения буддизма в Японии, в частости школ Сингон (Истинное слово), Дзен (Молчаливое самоуглубление), Тэн дай (Величие небес) и вместе с ними эзотерической китайской системы Люгаймэнь (Врата учения нищих монахов) — своеобразной системой подготовки сверхчеловека, обученного владению всеми видами оружия, методами составления лекарств и ядов, школой маскировки, гипноза и другим премудростям этой поистине «школы выживания». Сначала, на основе Люгаймэнь, тантрического буддизма и местных японских культов была создана система Сюгэндо (путь овладения сверхъестественными силами) монахом Эн-но Одзуно (Эн-но Сёкаку, 634–703 гг.). Данная система распространилась по Японии с помощью монахов Ямабуси (Спящие в горах) и Яма-но Хидзири (Горные мудрецы), которые были учителями, а иногда и предводителями таинственных кланов нин-дзютсу.
Воин-ниндзя — тренированный с детства cyпервоин-суперпшион, отлично владевший методами рукопашного боя, боя с любым видом оружия, владевший методами маскировки, любых видов шпионажа, непревзойдённый артист, мастер боевых искусств, с необычайно натренированным телом, границы возможностей которого значительно отличались от обычного человека.
На вооружении Воинов Ночи (как их называли тогда) были самые совершенные изобретения того времени, например, огнестрельное оружие, различные взрывчатые вещества, о которых в Древней Японии слышали единицы, а ниндзя успешно применяли их в своих операциях.