В виде чистых алкалоидных препаратов обычно употребляются соли алкалоидов. Кроме того, алкалоидоносные растения берут для приготовления отваров, настоев, экстрактов, порошков и других лекарственных форм. Алкалоиды встречаются главным образом в цветковых растениях. В некоторых употребляемых в пищу растениях содержание алкалоидов в отдельных частях бывает весьма значительным, и их часто применяют в научной и народной медицине. Это морфин и другие алкалоиды из коробочек масличного мака, пельтьерин – из коры граната, пиперин – из черного перца, берберин – из барбариса, кофеин – из кофе, теобромин – из какао и т. п.

Гликозиды – нелетучие вещества, состоящие из соединений глюкозы и других сахаров с различными органическими веществами. От гликозидов зависит вкус и аромат некоторых растительных продуктов. При кипячении с водой или под влиянием ферментов гликозиды распадаются на сахаристую и несахаристую часть, называемую агликоном и имеющую различное химическое строение. Именно агликон определяет физиологическую активность гликозидов и ее характер. В медицине широко используют для лечения сердечно-сосудистых заболеваний так называемые сердечные гликозиды. Находят лекарственное применение и некоторые другие гликозиды. Так, в листьях груши, брусники, толокнянки содержится гликозид арбутин. Его антибактериальные свойства используют при лечении воспалительных заболеваний мочеполовых путей. Имеющийся в кожуре цитрусовых гликозид геспередин, химически близкий к рутину, способствует укреплению стенок кровеносных сосудов.

Многие растения содержат очень ядовитые гликозиды. Так, в листьях и косточках плодов горького миндаля, а также абрикосов, персиков, слив, вишен, рябины и многих других плодах растений семейства розоцветных содержится гликозид амигдалин, агликон которого состоит из остатков синильной кислоты. В ягодах, ботве, клубнях и ростках картофеля содержится соланин и другие гликозиды (эту группу гликозидов называют также гликоалкалоидами), у которых агликоном является ядовитый соланидин.