Скелет мыши легкий, но достаточно крепкий, отличается высокой подвижностью и эластичностью.

Позвоночник мыши состоит из пяти отделов: шейного, грудного, поясничного, крестцового и хвостового. Шейный отдел состоит из 7 уплощенных позвонков, образующих короткий, плотно сочлененный столбик. Грудных позвонков 13, поясничных 6 или 7. Поясничный отдел состоит из двух настоящих и двух ложных поясничных позвонков, которые срастаются и образуют крестец. В хвостовом отделе до 20 позвонков.

Грудная клетка сужена с боков. Сверху она образуется грудными позвонками, к которым примыкают 13 пар ребер, а снизу располагается грудина, выступающая в область брюшной полости. Грудная клетка надежно защищает внутренние органы животного.

Задние конечности длиннее передних, на каждой расположено по пять пальцев. Передние конечности четырехпалые, первый палец редуцирован. На концах пальцев у мышей расположены когти.

У мышей, как и у других грызунов, правая и левая половины таза разделены, лонное сращение отсутствует. У молодых самок лобковые кости плотно соединены связками, но у родивших самок концы костей расходятся. Такое строение таза способствует безболезненному прохождению родов. У мыши рождается обычно большое количество достаточно крупных детенышей.

Черепная коробка мыши удлиненная, с глазными впадинами, лицевая часть вытянута. Для взрослых особей типично развитие гребней (мест соединений костей черепа) – венечного, лобного, сагиттального, теменно-височного, лямбовидного. Особенно выражены лобный и лямбовидный гребни. Парные лобные кости вместе с парными теменными и непарной межтеменной костями образуют крышу мозгового черепа. Непарная затылочная кость ограничивает мозговую полость сзади и имеет большое затылочное отверстие. К затылочной кости прикрепляются шейные позвонки. Слуховая часть черепа мышей расположена по бокам задней половины мозговой коробки и состоит из трех костей: каменистой, сосцевидной и барабанной. В барабанной кости открывается слуховой проход.