Неблагоприятна и чрезмерно высокая температура (35–40 °C), нередко вызывающая абортивность пыльцевых зерен. Наибольшая активность к оплодотворению проявляется у свежей пыльцы в день раскрытия цветка и в первые сутки ее хранения. Продолжительность времени от попадания пыльцы на рыльце до оплодотворения у перца составляет от 36 до 60 ч. Активность прорастания пыльцы и роста пыльцевых трубок в значительной мере зависит от внешних условий. При температуре ниже 15 °С пыльцевые трубки обычно не достигают зародышевого мешка.

У перцев редко, но встречается партенокарпия. Для таких растений характерны высокорослый куст и вверх направленные листья. Плоды на них вдвое мельче обыкновенных, бессемянные. Однако такое явление нельзя смешивать с заболеванием. Замечено, что партенокарпические плоды содержат больше сахара. Недостаточно полное опыление цветков может быть причиной появления уродливых плодов. Чтобы избежать этого, надо применять искусственное доопыление цветущих растений. Искусственное опыление проводится кисточкой или прикосновением тычинок сорванного цветка к рыльцу опыляемого. Возможно перекрестное опыление пчелами и другими насекомыми. Пространственная изоляция для разных сортов овощного и пряного перца — 300 м. Сладкие сорта, переопыленные с горькими, дают в первом поколении горькие плоды.

Через 25–30 дней после оплодотворения завязи достигают технической зрелости, еще через 25–30 дней физиологической. Одновременно созревают и семена.

У перца часто наблюдается опадение цветков и завязей. Причины, вызывающие опадение генеративных органов, различные: экстремальные низкие или очень высокие температуры воздуха, недостаток света, влаги и ряд других. Так, при низкой температуре воздуха (8-10 °C) и почвы в начальный период вегетации приостанавливается рост растений, что вызывает опадение бутонов.