В целом всю историю нин-дзюцу можно разделить на три важнейших периода: период формирования (VI-XIV вв.), период расцвета (XV – первая половина XVII вв.) и период упадка (вторая половина XVII-XIX вв.).
В каждом из трех этих больших этапов можно выделить более мелкие, но сущностно важные периоды. Всего автор насчитал их одиннадцать.
I период продолжался со времен доисторических до начала периода Нара (710-784). Это период первичного накопления знаний в области разведки и диверсионной войны и их первой письменной фиксации. В это время в Японию из Китая был привезен трактат «Сунь-цзы», заложивший основу теории шпионажа, проникла буддийская магия, ставшая впоследствии одним из важнейших методов психологической подготовки лазутчика.
II период по временным рамкам в основном совпадает с периодом Нара (710-784). Он характеризовался возникновением в среде отшельников-ямабуси искусства партизанской войны, включавшего в себя приемы маскировки и рукопашного боя.
III период охватывает время от начала периода Хэйан (794-1192) до войны Гэмпэй (1180-1185), он ознаменовался возникновением военного сословия самураев, укреплением религиозных объединений и появлением монахов-воинов, зарождением в среде разбойников прообраза агентурных сетей.
IV период охватывает войну Гэмпэй (1180-1185) и первые годы сёгуната Минамото (1192-1333). Согласно традиции, в это время нин-дзюцу впервые было выделено в особую отрасль военной науки, появились первые профессиональные разведчики.