Вместе с тем развитию судебной медицины и особенно экспертизы мешает ряд существенных недостатков, главным образом организационного порядка.

Судебномедицинскую экспертизу трупов за рубежом производят только работники кафедр, которые выезжают для этой цели из крупных центров в районы. Практической судебномедицинской службы на местах не существует.

В большинстве стран судебномедицинская экспертиза подчинена или министерству высшего образования, или же министерству внутренних дел. В первом случае эксперты оказываются лимитированными в финансовом отношении, поскольку органы высшего образования заинтересованы прежде всего в преподавании судебной медицины, и поэтому техническому оснащению практической судебномедицинской экспертизы не уделяется должного внимания, а во втором - эксперты в определенной мере ограничены в смысле независимости суждений. Кроме того, многие эксперты получают не твердый оклад, а лишь плату за произведенную экспертизу, причем иногда непосредственно от обвиняемого, потерпевшего, истца или ответчика. Этот порядок ставит эксперта в какой-то мере в зависимое положение от участников процесса и создает благоприятную почву для коррупции.

Во многих государствах возможность вскрытия трупа в ряде случаев ограничивается согласием или несогласием родственников умершего, а, например, в Англии, США - архаическим порядком досудебного рассмотрения уголовных дел. В Англии экспертизу живых лиц в связи с телесными повреждениями производят не судебные медики, а хирурги.

Давая заключение по делам о профессиональных правонарушениях медицинских работников, эксперт иногда оказывается в плену ложно понятой врачебной этики и корпоративности.

В ряде случаев врач лишен возможности сообщить властям об обнаруженных им признаках преступных действии (например, жестокого обращения с детьми), так как согласно законам буржуазных государств при этом он сам может понести ответственность за разглашение врачебной тайны.