Зрение у этих животных острое, а вот слух у черепах не слишком хороший. У сухопутных видов барабанная перепонка толстая, а у большинства морских видов слуховое отверстие закрыто утолщенным кожным наростом. Самым острым слухом отличаются пресноводные черепахи, которые часто, услышав пугающий их звук, спешат укрыться в воде. Ушных раковин и даже слуховых проходов у черепах нет, их заменяет расположенная на голове барабанная перепонка.

Обоняние у черепахи развито очень хорошо, так же как вкус и осязание. Несмотря на толщину панциря, черепахи остро чувствуют боль, поэтому прикасаться к панцирю следует осторожно.

Мышцы конечностей очень сильные и хорошо развиты.

Мускулатура же туловища наоборот, почти атрофирована, так как рептилиям практически не приходится ее использовать.

Панцирь черепах представляет собой окостеневший массив, выглядящий как вывернутые наружу внутренние части скелета. Из-за такого строения тела мышцы черепах в процессе эволюции видоизменились, так как они, в отличие от мышц других позвоночных, не окружают кости внутреннего скелета. Мышечные ткани, расположенные под панцирем, значительно ослаблены или редуцированы.

По строению сердечнососудистой системы черепахи сходны с другими холоднокровными животными. Сердце этих рептилий трехкамерное, состоит из двух предсердий и желудочка с неполной перегородкой. От правой части желудочка, в которой содержится венозная кровь, отходит легочная артерия, от средней части со смешанной кровью – правая дуга аорты, а от левой, в которой содержится артериальная кровь, – левая дуга аорты. Правая и левая дуги аорты соединяются в спинной части и образуют спинную аорту.

Крупные вены и артерии у черепах объединены, поэтому по сосудам циркулирует смешанная кровь, менее насыщенная кислородом, чем у теплокровных животных с разделенной венозной и артериальной кровью. Снабжение тканей смешанной кровью не позволяет достаточно активно протекать обмену веществ, поэтому животное быстрее теряет силы по сравнению с млекопитающими.