Успешно продолжила КСЭ свои работы ив 1960 г. Параллельно с ней работали Экспедиция молодых инженеров из КБ С.Королева, в состав которой входил будущий космонавт Г.Гречко, а также группа Золотова. Программу работ которой поддержали академики Л.Арцимович, М.Келдыш, Е.Федоров и др. С этого же года в проведении исследовательских работ КСЭ начале активно помогать Сибирское отделение АН СССР.

В 1961 и 1962 гг. на место падения ТКТ Академией наук были направлены новые экспедиции, руководителем которых был Флоренский. Участники КСЭ совместно работали с этими экспедициями по единой согласованной программе.

Основными результатами исследований этого периода (1958 - 1962 г.г.) являлись:

- определение площади сплошного вывала леса;

- составление карт района вывала леса) области лучистого ожоги зоны «телеграфного леса», границ лесного пожара;

- подтверждение ранее сделанных выводов об отсутствии в данном районе метеоритных кратеров и железных осколков метеорита;

- изучение мутации (изменения) растительности и ускоренный рост леса.

Второй этап исследований ТМ (1958 - 1962 гг.) позволил воссоздать физическую картину тунгусского взрыва, но две важнейшие проблемы - механизм разрушения и состав ТКТ - остались нерешенными.

Третий этап исследований длился с 1964 по,1969 г. За этот период были разработаны более оперативные и точные методы выделения космического вещества (метеорной пыли) из различных природных объектов, проведены серьезные теоретические исследования и модельные опыты.

В 1965 г. было высказано предположение, что вывал леса в районе падения метеорита обусловлен не только взрывной, но и баллистической волной.