Вплоть до шестидесятых — семидесятых годов в разных районах страны (особенно в южных) вспыхивали мятежи против иноземцев, а в приморских провинциях Китая (Фуцзянь, Гуандун, остров Тайвань) продолжало развиваться антиманьчжурское движение Чжэн Чэнгуна, которое новые власти долгое время никак не могли подавить. Не помогали ни жестокие гонения, ни лживые посулы. Маньчжурам приходилось изыскивать все новые и новые средства усмирения народа. Так, повсюду были введены новые правила и порядки: распределение всего населения по строгим социальным ячейкам (вроде так называемых «знамен»), регламентированная форма одежды и прическа по маньчжурскому образцу (бритая голова с косой на макушке). Все жители Срединной империи подверглись унизительному бритью головы. Того, кто противился, ждала смертная казнь. В сторонниках предшествующей династии маньчжуры не без основания видели угрозу своим порядкам, поэтому затевали против них жестокие судебные процессы, так называемые «письменные судилища» (вэньцзыюй), предавая казни многих патриотов и уничтожив их сочинения. Так, при императоре Канси (в последние годы жизни Ли Юя) произошло одно из наиболее жестоких судилищ над составителями «Истории Мин», после чего все причастные к этому изданию старше шестнадцати лет были казнены.
В то же время новые власти старались сохранить и прежние порядки, те, которые были им выгодны и полезны. Пытаясь изобразить себя законными преемниками традиционной китайской власти, они торжественно захоронили прах последнего минского императора Сыцзуна, повесившегося при осаде столицы войсками Ли Цзычэна, а также опубликовали обращения к чиновничеству и ученому сословию, призывая их служить новому режиму. Они поощряли некоторые науки, как правило, далекие от жизни (например, комментирование древних канонических текстов), рьяно проповедовали ортодоксальные нормы морали, сформулированные, в частности, в «Шестнадцати заповедях» императора Канси. Это была коварная и дальновидная политика, которая принесла свои плоды: новым властям удалось устранить многих ропщущих, приблизить легковерных и колеблющихся, установить надзор за теми, кто занимал уклончивую позицию.